加強工程項目審計，對于防范審計風險，強化工程項目過程監控，提高資金使用效益，發揮著十分重要的作用。那么，如何做好工程項目審計工作呢？
一、做好資料收集整理
資料是工程項目審計的基礎。完整的審計資料，可以全面掌握工程項目建設情況，防范審計風險。工程項目審計資料主要包括項目批準文件、招投標資料、中標通知書、建設合同、圖紙、工程量清單、主要材料單價、竣工決算書、項目建設會議記錄和相應管理制度等。收集和整理好資料是工程審計最基礎的工作。
二、審查工程合同內容
簽訂工程施工合同是明確甲乙雙方權利義務，確保工程項目順利實施的有效保證措施。所以要重點審查合同條款是否符合招標文件及有關規定；合同價款的確定，調整計價標準的約定是否明確、嚴謹、合規；重大隱蔽工程、重大變更事項的施工監督的約定是否有明確約定等相關內容。
三、做好現場踏勘記錄
加強對現場的實地測量、重點抽查，深入現場，采取測量、挖鉆、取樣、拍照等方式獲取第一手資料，以深入了解和掌握工程建設的實際情況、實際施工記錄、工程簽證尤其是隱蔽簽證、設計變更、材料價格等關鍵資料和數據。
四、強化項目搜集調查
一是要集中聽取被審計單位及其它有關部門對被審計對象做出的情況介紹，做到心中有數；二是要根據搜集到的有關審計資料，結合實地踏勘項目建設現場，掌握總體情況；三是要根據掌握的情況和搜集到的資料，對涉及到的單位進行延伸走訪；四是要根據聽到的、看到的情況和資料，結合項目審計的總體情況，及時進行討論審議，為審計實施打下堅實基礎。
五、檢查工程取費標準
審計施工企業在取費時是否提高了取費檔次提取相關費用，審計建筑工程取費計算過程。重點是審計各項費用在計算時所確定的基數是否符合地方的文件規定，取費是否與工程類別一致，費用內容有無重復計算等問題。